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Les oligonucléotides sont synthétisés via une phase solide. Ainsi, les nucléotides sont attachés selon la séquence de votre choix au fur et à mesure de la synthèse. Il est généralement connu que les réactions chimiques n'atteignent jamais une conversion à 100%. Dans la synthèse d'oligonucléotides de pointe, des rendements de couplage allant jusqu'à 99,5% sont atteints. Avec les 0,5 % de brins n'ayant pas réagi, l'assemblage en chaîne s'arrête et des séquences tronquées se forment comme produits secondaires.
Selon l'application prévue, il peut être intéressant d'éliminer ces séquences plus courtes. C'est pourquoi Microsynth propose différentes purifications.

Vue d'Ensemble

Purification PAGE

La purification par électrophorèse sur gel de polyacrylamide (PAGE) est généralement nécessaire pour les oligos longs (>50 bases) et pour toutes les amorces ayant des séquences 5' critiques (sites d'endonucléase de restriction, promoteurs ARN). C'est la meilleure méthode pour différencier les oligos longs des séquences tronquées (oligos n-1), en fonction de la taille, de la conformation et de la charge. La purification par PAGE a une excellente résolution et donne un produit qui est, en moyenne, pur à ≥95%. Dans ce contexte, il est important de noter que le niveau de pureté diminue avec l'augmentation de la longueur de l'oligonucléotide, et cela est particulièrement vrai pour les oligos jusqu'à 120 bases. La purification par PAGE est fortement recommandée pour les expériences exigeantes telles que le clonage, la mutagenèse, fingerprinting ADN, l'hybridation in situ, la synthèse de gènes, etc.

Applications potentielles :

  • Clonage moléculaire
  • Mutagenèse
  • DNA fingerprinting
  • Hybridation in situ
  • Synthèse de gènes

Rendements pour l'ADN

 
Oligonucléotides d'ADN Purifiés par PAGE
Synthesis scale1 Length Restriction Guaranteed Yield2 Production Time [wd]
[OD260] [nmol]3
Genomics not available
0.04 µmol 13 - 80 0.5 2.5 2
0.2 µmol

8 - 80

81 - 1504

2

0.5

10

2.5

 2
1.0 µmol 8 - 80 7 35 2
15 µmol not available
 
1 L'échelle de synthèse représente la quantité initiale de bases 3' (matériel de départ).
2 Nos rendements garantis et moyens sont mesurés en DO et ne sont valables que pour les oligos non modifiés >20mer.
3 Les rendements indiqués en nmol représentent un exemple de calcul pour un 20mer. Pour ce calcul, la règle empirique suivante a été appliquée : nmol d'oligo = DO x 100/longueur d'oligo. Veuillez noter que ce calcul est basé sur des séquences ayant une distribution pratiquement homogène des 4 bases d'ADN ; il peut varier pour des séquences ayant une teneur élevée en GC >70 %, etc.
4 Oligos de plus de 150 bases d'ADN sur demande (nous aimerions discuter au préalable avec vous de l'expérience/application afin de garantir le meilleur résultat possible)
5 Les rendements indiqués en nmol représentent un exemple de calcul pour un 60mer. Formula: nmol d'oligo = DO x 100/longueur d'oligo.

Rendements pour l'ARN

 
Oligonucléotides d'ARN Purifiés par PAGE
Synthesis scale1 Length Restriction Guaranteed Yield2 Production Time [wd]
[OD260] [nmol]3
Genomics not available
0.04 µmol not available
0.2 µmol 10 - 50 1 5 2
1.0 µmol 10 - 50 6 30 2
15 µmol not available

 

1 L'échelle de synthèse représente la quantité initiale de bases 3' (matériel de départ).
2 Nos rendements garantis et moyens sont mesurés en DO et ne sont valables que pour les oligos non modifiés >20 et <40 nucléotides.
3 Les rendements indiqués en nmol représentent un exemple de calcul pour un 20mer. Pour ce calcul, la règle empirique suivante a été appliquée : nmol d'oligo = DO x 100/longueur d'oligo. Veuillez noter que ce calcul est basé sur des séquences avec une distribution pratiquement homogène des 4 bases ARN.